Les départements et les laboratoires constituent les unités de recherche de l'Institut de Recherche en Sciences Humaines. Le Départernent de recherche regroupe plusieurs laboratoires de recherche. Il est placé sous l'autorité d"un Chef de Département. Le Chef de Département a rang et prérogative de Directeur d'Administration Centrale. Les Chefs de départements assurent une mission d'întérêt national. Cette mission comprend la participation à la formation et au perfectionnement des chercheurs et technicien de recherche; 1'administration et la gestion de la recherche; la coopération scientifique et technologique. Les Chefs de laboratoire et les chercheurs assurent également une rnission d'intérêt national. Cette mission comprend : la création et le développement de connaissances; leur transfert et leur application dans les entreprises et dans les domaines contribuant au progrès des hommes et de la société; la diffusion de l'information et de la culture scientifique et technologique.

L'Institut de recherche en Sciences compte sept départements :
- Département Etudes des Sociétés Anciennes et Contemporaines ;
- Département Philosophie du Développement ;
- Département en Langues, Littérature et Communication Appliquées ;
- Département en Recherche Géographique sur l’Environnement et le Développement des Sociétés ;
- Département Etudes Politiques et Stratégiques ;
- Département en Dynamiques Sociales ;
- Département Eau et Climat.

A ces départements sont rattachés plusieurs laboratoires de recherche :
- Laboratoire de Recherche en Histoire Politique, Sociale et Administrative (LARHIPSA) ;
- Observatoire des dynamiques historiques et l’analyse des institutions et politiques publiques (ODHAIP) ;
- Laboratoire d'Archeologie préhistorique et protohistorique (LABARC)
- Laboratoire de recherche sur les croyances et les dynamiques religieuses (LARECDYR);
- Groupe de recherche et d’étude sur le genre (GREG) ;
- Laboratoire de Recherche en Etudes Politiques et de Défense (GREPOD);
- Laboratoire de Recherche sur l'Identité Littéraire Négro-Africaine (GRINLA) ;
- Laboratoire de Recherche sur l'Ethique Appliquée au Monde Africain Contemporain (GREAMAC);
- Laboratoire de Recherche.sur le Développement et la Culture (URDC) ;
- Laboratoire de Recherche sur les Dynamiques Sociales (ODS) ;
- Laboratoire de Recherche sur les Ecosystèmes Humides et Marins (GRE.H) ;
- Laboratoire de Recherche sur l'Environnement et le Développement des Sociétés (GREDES) ;
- Laboratoire de Recherche en Télédétection et Systèmes d'Informations, Géographiques (LARTESIG);
- Laboratoire d'Etudes et de Recherches sur la Communication (GERC). ·
- Laboratoire de. Recherche en Sémantique, Epistémologie et Sémiologie (U.E.S.E.S);
- Laboratoire de Recherche sur les conduites humaines et pratiques Cliniques (LARCHPC).